Чтобы избежать возникновение ошибки «Доменное имя верхнего уровня принадлежит другому пользователю» достаточно дописать в конфиг ISPmanager /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf строчку:
Option InsecureDomain
После чего произвести перезапуск панели командой:
killall ispmgr
При открытии панели в браузере процесс ispmgr запустится автоматически.